🔶 L'aventure intérieure du microbiote

31 mai 2021 | Une innovation décryptée
10 000 milliards
d’amis
Ce chiffre un peu abstrait est le nombre de bactéries avec lesquelles nous cohabitons en permanence. Une cohabitation qui n’avait rien d’évident jusqu’à ce que la recherche s’en empare.
Passé les poncifs du « deuxième cerveau » ou les tentatives de récupération mercantile, ce domaine de recherche arrive aujourd’hui aux portes de la thérapeutique, après des années de travail discret.
Bonne lecture,
Laurent de TheMetaNews
PS Merci à Nathalie Vignolle, François Trottein, Stanislas Desjonquères et à la fondation Biocodex (l’ordre est aléatoire) d’avoir pris le temps d’explorer le sujet avec moi.

Si vous n’avez que 30 secondes

On commence par un schéma, pour changer
Comment le microbiote a fait florès (intestinale)
Un chiffre plutôt qu’un long discours
Le microbiote est-il une révolution ? Par Stanislas Desjonquères
Un trombinoscope de pionniers
Et pour finir

5 min de lecture en pleine lumière (intestinale)

Commençons par une image, pour changer. Voici une carte des microbiotes du corps humain, répartis sur tout notre corps. Dans ce numéro, il sera principalement question du microbiote intestinal, le plus étudié. En couleur, les différentes souches de bactéries (détails et source)

Tout vient de la paillasse
Comment le microbiote a fait florès

Longtemps mésestimé, l’impact du microbiote sur la santé humaine fait aujourd’hui la une. L’aboutissement de dizaines d’années de recherche.

Le petit peuple des villosités
(vue d’artiste)

Lumières intestinales. L’influence de la population microbienne de notre corps (en particulier celle de l’intestin) n’est pas une préoccupation récente, puisqu’elle remonte a minima au XIXe siècle. Longtemps purement descriptive, la recherche sur le microbiote a connu une accélération ces dernières années. Verrous techniques. Jusqu’au tournant des années 2000, la recherche était en effet freinée par la culture très complexe de ces bactéries qui doivent être privées d’oxygène. Mais la révolution ADN est passée par là, comme le précise Nathalie Vergnolle :
« La possibilité de séquencer le microbiote a permis de lever les verrous : il était devenu faisable de cartographier sa composition. Cela a poussé les chercheurs à étudier les bactéries espèces par espèces »

Révolution. Deux projets de séquençage, à la suite de celui du génome humain, marquent ce tournant vers la big data : Le Human Microbiome Project (HMP) dès 2007 aux Etats-Unis, MetaHIT en Europe entre 2008 et 2012, mené par l’Inrae. De purement descriptive, la recherche devient fonctionnelle, s’accélère et se diversifie.

Organe ubiquitaire. L’évidence s’impose : quand on réimplante un microbiote d’un individu à un autre, certaines pathologies suivent, comme dans cette étude pionnière sur l’obésité chez la souris. Le microbiote serait impliqué dans une liste de de maladie qui donne le vertige : cancer, maladies inflammatoires, allergie, ostéoporose, Alzheimer…
L’air du temps. Les publis se multiplient à vitesse exponentielle dans les années 2010, comme en témoigne un chercheur, connaisseur du secteur :
« Le microbiote étant « à la mode », les scientifiques se sont précipités dessus ; on en revient aujourd’hui. Editeurs et reviewers sont plus prudents et les études qui sortent sont plus solides »
Ce qui reste à faire. Si de nombreux espoirs sont permis (▼ voir interview ▼), les thérapies liées au microbiote doivent encore faire leurs preuves. Une seule est aujourd’hui autorisée dans le traitement d’infections intestinales résistantes, d’autres arriveront en adjuvant des traitements de certains cancers ou d’infections à Helicobacter Pylori. Ce n’est que le début, la France étant bien positionnée dans le secteur.
Pour aller plus loin. Si vous vous intéressez au sujet, prenez le temps de regarder ce docu de référence. Des actus scientifiques et techniques peuvent aussi être dénichées ici.

Des chiffres plutôt qu’un long discours
1,3 milliard d’euros
La recherche liée aux microbiotes, restée longtemps fondamentale à cause de certaines limitations techniques (voir article ▲), a franchi récemment les étapes vers le marché. 300 start-up environ ont été créées ces dix dernières années au niveau mondial et 111 millions d’euros ont été levés en 2020 dans l’Hexagone pour un marché total estimé à 1,3 milliards d’euros. Parmi ces start-up, quelques « stars » hexagonales (Enterome, Maat pharma…), la France et les USA étant en pointe sur ces sujets. Deux catégories d’industriels lorgnent sur le secteur : l’agroalimentaire (Danone, Nestlé…), historiquement présent sur l’aspect prévention, ainsi que l’industrie pharmaceutique.

Trois questions à… Stanislas Desjonquères
« Les vraies révolutions sont silencieuses »
Il a fondé Nexbiome, un incubateur privé de candidats médicaments liés au microbiote, il analyse le secteur.

Le microbiote est aujourd’hui populaire mais à quoi est dû ce succès ?

Le succès des thérapies liées au microbiote tient à une poignée de facteurs tous réunis aujourd’hui : la demande des consommateurs, tout d’abord, qui sont en demande de naturalité. Notre environnement interne est peuplé de bactéries. Une recherche dynamique, ensuite : celle sur le microbiote l’est, vous pouvez le vérifier sur PubMed. Enfin des financements privés sont aujourd’hui au rendez-vous et des solutions techniques existent, comme le séquençage à haut débit ou la bioinformatique.
En quoi les thérapies liées au microbiote diffèrent des autres médicaments ?
On a, il est vrai, affaire à une nouvelle catégorie de produits, différents de ceux qui les précèdent, comme les vaccins, les antibiotiques ou les génériques, mais ce sont bien des médicaments. Des centaines de pathologies sont concernées, dans quatre domaines en particulier : infectiologie, immunité, système nerveux central et les maladies inflammatoires. Après des années de recherche fondamentale, on se rend compte que le microbiote est à la fois le problème et la solution.
Est-ce une autre manière de guérir ?
Les vraies révolutions sont silencieuses. Contrairement à la grande majorité des médicaments, curatifs, les thérapies basées sur le microbiote apporteront une valeur préventive et j’estime qu’il s’agit d’une nouvelle approche de la médecine. Mais ces thérapies seront tout de même jugées par les autorités sanitaires comme les autres médicaments, au travers de leur efficacité, de leur sécurité et de l’amélioration du service médical rendu. Cela ne changera pas.

Des infos en vrac BPIfrance et Phdtalent dévoilent les résultats de leur baromètre Jeunes chercheurs et entrepreneuriat Deeptech le 15 juin prochain de 14h à 15h15 (et votre serviteur animera) /////////// Entrepreneuriat toujours, cette fois-ci côté étudiants, la date limite de dépôt des candidatures pour les prix Pépite est fixée au 30 juin prochain ///////////

Une affaire de pionniers

L’incontournable.  Le père fondateur de la vaccination et icône française de la science a également mené des réflexions sur le rôle du microbiote dans la digestion dès 1885… interrompues par ses travaux sur les vaccins. Bien lui en a pris.
Le frenchie (1).   Stanislav Dusko Ehrlich est un chercheur d’origine croate, il a développé cette discipline encore confidentielle au sein de l’Inrae qu’il a rejoint en 1986 et a a contribué à un projet européen de décryptage du génome du microbiote, fondamental pour la discipline : MetaHIT.
Le frenchie (2).  Outre ses travaux fondamentaux (notamment sur les maladies mentales) depuis les années 80, ce chercheur de l’Inrae a réussi à populariser ce domaine de recherche. Ce portrait précise qu’il aime faire son propre vin et ses fromages (une déformation professionnelle ?).
Et tous les autres.  De nombreux scientifiques ont évidemment mis leur pierre à l’édifice. Parmi eux : Willem De Vos ou Martin Blaser à l’international, en France, les noms d’Harry Sokol (formé par Joël Doré), de Philippe Seksik, Karine Clément ou Patricia Lepage (etc) font référence.

Ils parlent d’inno (alors on vous en parle)

Saint-Uber. On le sait peu mais Uber a monté des programmes de recherche autour de l’intelligence artificielle (ce sera le prochain sujet de BeyondLab). Technology review suit les pas d’un chercheur qui apprend à une IA à en créer d’autres. Très méta.
Du neuf avec des vieux. Les êtres humains ne pourraient pas vivre au-delà de 150 ans, c’est en tout cas la thèse d’un papier (consultable ici) issu d’une biotech relayé par CNET.
Fiat lux. Un patient aveugle a recouvré en partie la vue grâce à l’optogénétique (voici la publi). Cette première mondiale est française et a été massivement relayée, à juste titre, dans les médias, comme France Culture, Le Monde ou Technology review.
La main miraculeuse. Encore une histoire d’innovation à l’américaine, porteuse d’espoir et de pas mal de stortytelling : celle d’un amputé qui arrive à ressentir son bras robotique. C’est paru dans Wired et basé sur ce papier de Science.

Et pour finir
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Voici une preuve, s’il en fallait, que la recherche avance parfois de manière incongrue. La migration des cigognes a ainsi longtemps été un mystère, jusqu’à ce que ce spécimen (et d’autres) soit capturé avec une pointe de flèche tribale venant d’Afrique fichée dans le cou.

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